Poza walorami smakowymi pieprz cayenne ma szereg właściwości leczniczych . Zawdzięczamy je kapsaicynie, czyli związkowi który odpowiada za wyjątkowo ostry smak przyprawy. Kapsaicyna rozgrzewa, ale dodatkowo ma zdolność hamowania działania neuropeptydu wywołującego stany zapalne. Dzięki temu ekstrakt z pieprzu cayenne jest składnikiem wielu rozgrzewających maści i plastrów stosowanych miejscowo na bolące mięśnie i stawy. Kapasaicyna działa też korzystnie na układ nerwowy: Poprawia nastrój i działa przeciwbólowo. Ma także właściwości bakteriobójcze, więc pieprz cayenne stosowany jako przyprawa zapobiega zatruciom pokarmowym. Ponadto usprawnia trawienie i zapobiega wzdęciom. Badania przeprowadzone na uniwersytecie w Nottingham wykazały, że kapsaicyna w warunkach laboratoryjnych hamuje podział i rozrost komórek nowotworowych .
Inną zaletą tej niezwykłej substancji jest zdolność do przyśpieszania metabolizmu i zwiększania termogenezy (wytwarzania ciepła), przez co ułatwia on utratę zbędnych kilogramów.
Dlatego właśnie chilli jest tak ważnym składnikiem naturalnych preparatów antycellulitowych. Dzięki aktywności przeciwzapalnej i antyoksydacyjnej pomaga także zmniejszyć rozstępy, które często związane są z wahaniami wagi.